Ante el fracaso de la gestión del Comisionado Danilo Rueda para avanzar de manera eficaz en los diálogos de paz con las organizaciones subversivas, dando cumplimiento a la política pública de la búsqueda y anhelada Paz Total, del presidente Gustavo Petro Urrego. Desde enero de este año, cuando los acercamientos de paz empezaron a consolidarse, se empezaron a plantear dudas sobre la gestión de Rueda. Uno de los primeros cuestionamientos fue por el cese al fuego bilateral con cinco organizaciones armadas que el presidente Petro anunció a la medianoche del 31 de diciembre, y que poco después algunos de los grupos desmintieron. Aunque fue el jefe de Estado quien dio a conocer esa información, se mostró una desconexión con él, como cabeza de las negociaciones. Su gestión ha sido bastante cuestionable por las permanentes alteraciones de orden público, producto del incumplimiento de las organizaciones subversivas que se encuentran en la mesa de diálogos (ELN y Disidencias). Desde entonces fue blanco de críticas por su gestión. Incluso desde antes, por sus visitas a la cárcel La Picota durante la campaña presidencial, algo que ocurrió en el marco de unas visitas que hacía la Comisión Inter eclesial de Justicia y Paz a víctimas de diferentes situaciones y sus victimarios.
Algunos analistas han expresado, que al no estar preparado para el cargo y de no contar con metodologías claras, no pudo interpretar los grandes desafíos que tenía al frente en una temática que era la búsqueda de la paz. Su forma gaseosa de salir a justificar los hechos atroces cometidos por el ELN y las Disidencias de la Farc, se convirtieron en la mayor lluvia de críticas al gobierno nacional. Fue un desgate político para el presidente de la república. Es una persona que se desgastó muy rápido su capital político. Seguramente hizo un trabajo invisible que no veíamos desde los demás procesos que hemo tenido en Colombia. Su gestión había sido duramente cuestionada durante las últimas semanas tras la crisis que enfrentó el proceso de negociación con el ELN tras el secuestro de Luis Manuel Díaz.