Por corrupción entre los años 2000 y 2004 a Carlos Gustavo Palacino Antía a una condena de 10 años de prisión, y al pago de una multa equivalente a 297 mil millones de pesos, además de inhabilitarlo de por vida para ocupar cargos públicos.
Palacino Antía fue acusado por el delito de peculado por apropiación en favor de terceros toda vez que destinó 400 mil millones de pesos, que debían ser usados para atender las necesidades de salud, en compras de bienes como por ejemplo inmuebles en Colombia y en el exterior.
La Fiscalía General de la Nación presentó material probatorio suficiente para que un Juez Penal del Circuito, en el marco de la Ley 600 de 2000, hallara responsable penalmente a Carlos Gustavo Palacino Antía por el delito de peculado por apropiación en favor de terceros, y lo condenara a 10 años de prisión, y al pago de una multa equivalente a 297 mil millones de pesos, además de inhabilitarlo de por vida para ocupar cargos públicos.
Palacino Antía fue detenido y cobijado con medida de aseguramiento en centro carcelario en marzo de 2018 por orden de una Fiscal Especializada contra la Corrupción; y fue judicializado por irregularidades y malos manejos administrativos mientras fue presidente ejecutivo y representante legal de SaludCoop EPS.
Según la investigación, por directriz de Palacino, la EPS utilizó dineros públicos dispuestos para atender la salud de sus afiliados, en la compra de bienes raíces en Colombia, México y Ecuador.
También adquirió edificios y oficinas; realizó préstamos a socios y trabajadores; además de pagar viajes personales y adquirir vehículos de alta gama.